Do sinh sống trong phạm vi rộng cùng số lượng loài lớn, dao động từ 5.000.000 đến 50.000.000 cá thể nên chim đớp ruồi đỏ son được Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế xếp vào nhóm loài ít quan tâm.[1] Tuy nhiên, số lượng cá thể của loài này đang giảm dần. Tính từ năm 1966 đến năm 2007, mỗi năm số lượng cá thể suy giảm trung bình 1,7%. Tính riêng ở tiểu bang Texas, Hoa Kỳ, tỉ lệ suy giảm dao động ở mức 2,6% mỗi năm. Loài chim này ngày càng trở nên hiếm gặp và có dấu hiệu di cư sang các khu vực mới như Florida và Oklahoma, bất chấp ở miền nam California, số lượng cá thể loài từng rất phong phú. Bên cạnh đó, quần thể loài ở Arizona đang gia tăng với tỉ lệ 2,2% mỗi năm. Ngoài ra, chim đớp ruồi đỏ son cũng dần thích nghi với cấu trúc xã hội loài người, biểu hiện rõ nét bằng việc chúng xây tổ ngày càng nhiều trong các công viên và sân golf. Tuy nhiên, điều này có thể dẫn đến quá tải khi mà sự hiện diện ngày càng nhiều của những cá thể Molothrus ater đã tạo ra sự cạnh tranh trong nguồn thức ăn giữa các cá thể chim non ở cả hai loài, đồng thời đặt tổ của chim đớp ruồi đỏ son vào tình trạng bị đe dọa cao hơn. Một mối lo ngại lớn khác là việc mất môi trường sống, đặc biệt tại các khu vực ven sông. Dọc theo Thung lũng hạ lưu sông Colorado, khi những thay đổi trong công tác quản lý nước cùng với nguồn đất ven sông, vốn là địa hạt sinh trưởng của loài cây bông bị tàn phá đã gián tiếp thu hẹp đi nơi sinh sản và tìm kiếm thức ăn của loài chim này.[2]

Chim đớp ruồi San Cristóbal, loài đặc hữu của Quần đảo Galápagos, từng được coi là một phần của loài, đã tuyệt chủng vào khoảng những năm 1987 và 2012.[33][34] Trong khi đó, chim đớp ruồi Darwin, cũng từng là một phần của loài, hiện đang là một loài sắp nguy cấp theo đánh giá của Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế.[35]